Das Wasser, welches im Lückensystem von Sand, Kies, Schotter, porösem Gestein oder Spalten als ein zusammenhängender Wasserkörper existiert, nennt man Grundwasser. Ein Teil des Grundwassers ist im Porengestein gefangen, der weitaus größere Teil des Grundwassers bewegt sich mit geringer Geschwindigkeit über den undurchlässigen Schichten des Erdreichs bis es schließlich an den Quellen oder auch am Grund von Gewässern hervortritt. In diesem Grundwasserlebensraum (Stygal) führen spezielle Pilze, Bakterien und sogar Krebse bei nur 6 bis 10°C ein Leben in permanenter Dunkelheit sowie in ständiger Nahrungs- und Sauerstoffarmut.
Gelangt das Grundwasser an die Oberfläche bilden sich z.B. Quellmoore, Quellhänge, Sturzquellen oder Tümpelquellen. Der Lebensraum der Quellen wird Krenal genannt. Anfänglich sind die meisten Quellwasser noch arm an Nährstoffen und Sauerstoff. Durch die ständige Wasserbewegung findet eine Sauerstoffanreicherung statt, was die Ansiedlung verschiedener Organismen ermöglicht. Gelangt das Quellwasser an das Tageslicht wird die Photosynthese ermöglicht.
Quellen bilden meistens den Ursprung von Flüssen oder Seen. Allerdings werden die Gletscherbäche nicht durch Grundwasser bzw. Quellen gespeist, hier handelt es sich vielmehr um Schmelzwasser aus den Gebirgen, das sich am Fuße der Gletscher sammelt. Schmelzwasser ist frei von Nährstoffen und hat meist nur eine Temperatur von 1 bis 2°C, doch auch hier finden verschiedene Tiere einen Lebensraum.
Andere Quelllebensräume sind hingegen durch hohe Temperaturen und einen hohen Gehalt an organischen oder anorganischen Stoffen gekennzeichnet (z.B. T hermalquellen). Doch selbst hier finden sich Arten, die in ihrer Lebensweise an Sauerstoffarmut und Temperaturen von bis zu 83°C (einige Blaualgenarten) angepasst sind.