Zur angewandten oder praktischen Limnologie gehören u.a. die Fischereibiologie sowie auch die Trink-, Brauch- und Abwasserbiologie. Biologische, physikalische und chemische Gewässeruntersuchungen werden von MARILIM zur Ermittlung der Gewässergüte durchgeführt. MARILIM liefert außerdem Problemlösungen und Handlungskonzepte, wenn es z.B. um die Sicherung von Trinkwasser oder um die Gestaltung und Realisierung von Naturschutzplänen geht.

Um limnische Lebensräume hinsichtlich ihres Zustandes und ihrer Funktionsfähigkeit zu beurteilen, müssen eine Reihe von gewässerökologischen Kriterien untersucht werden. Die Gewässergüte kann durch Untersuchung der biologischen, chemischen, physikalischen und ökomorphologischen Bedingungen bestimmt werden. Die chemischen und physikalischen Meßwerte ermöglichen allerdings nur Momentaufnahmen, d.h. man dokumentiert z.B. die Konzentration bestimmter chemischer Substanzen oder physikalischer Größen nur zum Zeitpunkt der Probenahme. Die biologische und ökomorphologische Gewässergütebestimmung ermöglichen dagegen auch Aussagen über Beeinträchtigungen, die schon vor längerer Zeit, z.B. nach einer Abwassereinleitung, stattgefunden haben. Insgesamt sind aber alle Methoden für die Beurteilung eines Gewässers unverzichtbar. Daher werden die Ergebnisse der einzelnen Methoden zusammengefasst und als eine Gewässergüteklasse für das Gewässer wiedergegeben: