Als relativ "neue" Wissenschaft ist die Limnologie (vom griechischen limnos = See), aus der Hydrobiologie hervorgegangen. Gegenstand der Limnologie sind die Binnengewässer, ihre chemischen und physikalischen Eigenschaften und ihre Organismen. Man spricht in diesem Zusammenhang auch von der Süßwasserökologie. Süßwasser ist, gegenüber dem Meerwasser, durch eine wesentlich geringere Konzentration an gelösten organische Stoffen pro Liter gekennzeichnet (gelöste Stoffe pro Liter bei Süßwasser 0,5 g und bei Meerwasser 35 g, überwiegend NaCl). Entsprechend der Hydrologie, Geologie und Ökologie unterscheidet man verschiedene Typen von Binnengewässern:

• Grundwasser
• Quellen
• Natürliche Fließgewässer: Bach, Fluss und Strom
• Natürliche Stillgewässer: Temporäre Kleingewässer, Weiher, Teiche und Seen

Die Limnologie ist, neben der Meeresökologie sowie der Festlandsökologie, ein Teilbereich der Ökologie als Wissenschaft von den Wechselbeziehungen zwischen Organismen und ihrer Umwelt. Alle Teilbereiche der Ökologie stehen unter anderem über den Wasserkreislauf miteinander in Verbindung.

Ökologische Belange spielen bei der politischen Entscheidungsfindung zunehmend eine größere Rolle. Daher gewinnt auch die angewandte Limnologie immer mehr an Bedeutung. Geht es beispielsweise um eine umweltverträgliche Nutzung von Flüssen und Seen, so kommen limnologische Untersuchungsmethoden und gesetzliche Richtlinien und Entwicklungskonzepte zur Erhaltung oder Steigerung der ökologischen Effizienz zum Einsatz.

Wasserkreislauf

Zwei Drittel der Erde sind von Wasser bedeckt und der weltweite Wasserkreislauf verbindet das Grundwasser mit den Quellen, diese mit den Flüssen, Seen und Meeren. Geschlossen wird der Kreislauf durch die fortlaufende Verdunstung und anschließende Kondensierung des Wassers zu Wolken, die schließlich als Niederschlag eine Grundwasserneubildung ermöglichen. Dieser Kreislauf ist ein wichtiger Wasserreinigungsprozeß, indem Meerwasser durch die natürliche Destillation in Süßwasser verwandelt wird. Für das Leben auf der Erde ist das Wasser von elementarer Bedeutung: Ohne Wasser wäre kein Leben entstanden und ohne Wasser kann es nicht bestehen. Durch menschliche Einwirkungen, wie beispielsweise Gewässerverbau, Abholzungen von Wäldern, Abwassereinleitungen, saurer Regen usw. wird der sensible Wasserkreislauf zunehmend gestört.